5日，冲绳县知事古谢玄太召见日本政府和美军代表，就此事提出抗议，古谢玄太表示：
“我们强烈要求采取具有实际效果的根本性措施，包括重新审视《日美地位协定》、改善对美军人员的教育等。”
兼任美国海军陆战队司令官的四军协调官沃森在与知事等会面后表示：“我们将竭尽全力继续成为一个好邻居。”“我们将继续努力赢得冲绳县民的信任。”但他没有就此次事件道歉。与古谢会面后，沃森被记者问及为何没有道歉，他解释说：“这是一起正在调查中的案件。”
在与美方会面之前，古谢召见防卫省冲绳防卫局局长村井胜以及外务省冲绳事务担当大使纪谷昌彦，要求采取相关措施。事发地那霸市市长知念觉也出席了向美方和日本政府提出抗议时的召见。
10月5日晚，东京永田町的首相官邸前举行了抗议集会。据主办方称，共有约250人参加。集会以为这名39岁遇害女性默哀开始。与会者要求针对屡次发生的美军相关人员案件采取措施，减轻冲绳的基地负担，并撤除军事基地。冲绳县选区选出的参议院议员高良沙哉指出，仅仅要求美军人员“严肃军纪”并不能防止受害事件发生，并呼吁道：“我们已经承受不起更多的牺牲了。”高良介绍说，她参加了前一天4日在冲绳举行的紧急集会。她指出，在冲绳，当地居民一直生活在军队“凶暴性”的威胁近旁。
事件发生后，自民党冲绳县籍国会议员等5日分别拜访了防卫大臣小泉和外务大臣茂木，提出抗议并进行交涉。议员团向小泉大臣提出：不能仅仅向美国方面提出抗议就了事，应从根本上检验防止事件和事故发生的措施是否真正有效，并要求美国方面尽快采取具体且切实有效的防止类似事件再次发生的措施等。
小泉大臣表示：“我们要求对调查工作给予全面配合，并就严肃军纪、采取防止再次发生的措施，以及彻底落实这些措施，我方也提出了强烈抗议。”他还表示：“将与外务省等部门加强协调，由整个政府共同应对。”
日本共产党委员长田村智子在5日举行的该党国会议员团全体会议上，就这一事件提出抗议，表示：“对于美军士兵屡次实施严重犯罪，我们将以满腔愤怒予以谴责。”她在当天的记者会上要求对《日美地位协定》进行根本性修改，并表示，至少在彻底查明事件真相、确立防止再次发生的措施之前，应取消原定于19日起在冲绳等地举行的日美联合演习“利剑”。
社民党党首福岛瑞穗也表示：“光靠整顿军纪是不行的。你们到底说过多少次要整顿军纪了？”并强调，长期以来政治方面未能推动修改《日美地位协定》，应对此事件负责。
美国在第二次世界大战后占领冲绳，并于1972年将其归还日本，但此后仍继续在冲绳运营军事基地。美军也在日本各地设有大规模军事基地，目前约有5.5万名美军人员驻扎在日本国内的主要军事设施。