5日，沖繩縣知事古謝玄太召見日本政府與美軍代表，就此事提出抗議，古謝玄太表示：
「我們強烈要求採取具有實際效果的根本性措施，包括重新審視《日美地位協定》、改善對美軍人員的教育等。」
兼任美國海軍陸戰隊司令官的四軍協調官沃森在與知事等人會面後表示：「我們將竭盡全力繼續成為一個好鄰居。」「我們將繼續努力贏得沖繩縣民的信任。」但他並未就此次事件道歉。與古謝會面後，沃森被記者問及為何沒有道歉，他解釋說：「這是一起正在調查中的案件。」
在與美方會面之前，古謝召見防衛省沖繩防衛局局長村井勝以及外務省沖繩事務擔當大使紀谷昌彥，要求採取相關措施。事發地那霸市市長知念覺也出席了向美方與日本政府提出抗議時的召見。
10月5日晚，東京永田町的首相官邸前舉行了抗議集會。據主辦方稱，共有約250人參加。集會以向這名39歲遇害女性默哀開始。與會者要求針對屢次發生美軍相關人員案件採取措施，減輕沖繩的基地負擔，並撤除軍事基地。沖繩縣選區選出的參議院議員高良沙哉指出，僅僅要求美軍人員「嚴肅軍紀」並不能防止受害事件發生，並呼籲道：「我們已經承受不起更多的犧牲了。」高良介紹說，她參加了前一天4日在沖繩舉行的緊急集會。她指出，在沖繩，當地居民一直生活在軍隊「凶暴性」的威脅近旁。
事件發生後，自民黨沖繩縣籍國會議員等5日分別拜訪了防衛大臣小泉與外務大臣茂木，提出抗議並進行交涉。議員團向小泉大臣提出：不能僅僅向美國方面提出抗議就了事，應從根本上檢驗防止事件與事故發生的措施是否真正有效，並要求美國方面盡快採取具體且切實有效的防止類似事件再次發生的措施等。
小泉大臣表示：「我們要求對調查工作給予全面配合，並就嚴肅軍紀、採取防止再次發生的措施，以及徹底落實這些措施，我方也提出了強烈抗議。」他還表示：「將與外務省等部門加強協調，由整個政府共同應對。」
日本共產黨委員長田村智子在5日舉行的該黨國會議員團全體會議上，就這一事件提出抗議，表示：「對於美軍士兵屢次實施嚴重犯罪，我們將以滿腔憤怒予以譴責。」她在當天的記者會上要求對《日美地位協定》進行根本性修改，並表示，至少在徹底查明事件真相、確立防止再次發生的措施之前，應取消原定於19日起在沖繩等地舉行的日美聯合演習「利劍」。
社民黨黨首福島瑞穗也表示：「光靠整頓軍紀是不行的。你們到底說過多少次要整頓軍紀了？」並強調，長期以來政治方面未能推動修改《日美地位協定》，應對此事件負責。
美國在第二次世界大戰後占領沖繩，並於1972年將其歸還日本，但此後仍繼續在沖繩運營軍事基地。美軍也在日本各地設有大規模軍事基地，目前約有5.5萬名美軍人員駐紮在日本國內的主要軍事設施。