正就民主派初選「47人案」及2019年元朗地鐵站無差別襲擊的「721暴動案」服刑的林卓廷，因2019年7月6日在「光復屯門公園」遊行後，於屯門警署外被指與另外兩人，要求一名遭示威者包圍的男子刪除手機內涉及同年7月1日警察總部示威者的照片或影片而被控意圖妨礙司法公正罪，在2023年1月獲裁定罪名不成立，負責審理該案的區域法院法官游德康當時解釋，林卓廷事發時有調停其他爭執，並曾協助被包圍男子解困，控方未能證明他具有妨礙司法公正的犯罪意圖。
但律政司指出，涉案照片可能成為日後刑事調查及檢控的證據，認為原審法官過分著重林卓廷等人當時是為了協助被包圍男子解困，忽略他們的行為可能妨礙日後刑事調查及檢控。又認為，即使警方當時尚未展開相關調查，並不代表有關行為不能構成妨礙司法公正，質疑原審法官混淆被告的動機與犯罪意圖，因而提出上訴。
代表林卓廷的大律師沈士文反駁律政司的說法，引用判例指出，妨礙司法公正罪必須證明被告行為與實際或可能進行的法律程序有可辨識的關聯，僅以「警方會有調查」為理由並不夠，遑論控方完全沒有就7月1日是否有任何人干犯刑事罪行提出證據，亦沒有釐清被刪除的照片可能涉及什麼罪行。
他又指出，原審法官已考慮現場氣氛、眾人說話語氣及林卓廷曾協助另一名女子解困等證據後作出裁決，並援引判例，反駁律政司指原審法官混淆犯罪動機與意圖的說法。
上訴庭則引述相關案例及法律原則，認為原審法官以「化解紛爭」和「保護被包圍者」等理由，否定林卓廷具有妨礙司法公正的意圖，在法律分析上有錯。又指，原審法官對相關行為是否可能妨礙日後司法程序的判斷亦有問題，因為林卓廷曾明確提及，要刪除示威者容貌的照片，以免警方取得後追究示威者的刑事責任。
但上訴庭同時指出，警方數位鑑識專家未能從涉案手機找到或還原被指刪除的「71片段」，亦無法確定有關影像是否曾經存在，法庭因此不能確定被告要求刪除照片的行為，是否具有妨礙相關刑事調查及司法程序的傾向。上訴庭補充，林卓廷遊說刪除照片的行動及相關意圖俱在，若非該片段是否存在成疑，林卓廷毫無疑問應該被判罪成，但控方未能證明片段這必要元素的存在，故維持無罪裁決。
上訴庭開庭頒下裁決當日，林卓廷母親、前民主黨主席劉慧卿和前民主黨成員莊榮輝等亦有到庭旁聽。林卓廷身穿西裝到庭時，有向旁聽席的方向揮手，並做出露齒笑的表情，亦有與旁聽的人點頭、豎起拇指和抱拳等手勢，與他們隔空交流。聞判後，林卓廷亦有點頭和向旁聽席微笑揮手，有旁聽者對他說保重和掛念，林卓廷亦有回應對方「保重」。
至於另外兩名被告曾焌熙及鍾凱研，上訴庭亦維持兩人相關罪名不成立的裁決。其中，曾焌熙被控妨礙司法公正罪，同樣因控方未能證明涉案影像確實存在而維持無罪，但不影響曾焌熙原審時已被裁定非法集結罪成的結果。鍾凱研涉及不誠實取用電腦罪，上訴庭認為原審法官有權裁定她相信已獲手機主人同意，至於刑事損壞罪，控方亦未能證明相關影像確實存在及遭到刪除。